Pour le jeune Giulio Cesare, le nom de « Bordon » ne suffisait pas à ses ambitions. Il adopte rapidement diverses dénominations et cite diverses origines. Sa vie sera faites de nombreux retournements. Il aime en particulier se réclamer du lignage d'une noble famille véronaise, les Della Scala.
A 19 ans, il entre brièvement dans un monastère franciscain à Venise, puis commence une vie de militaire de 1509 à 1515, notamment comme page de l'empereur Maximilien 1er.
Il étudie ensuite la philosophie à Bologne (notamment celle de Duns Scot) et la médecine à l'Université de Padoue où il obtient son titre docteur ès arts en 1519 mais refuse le poste qu’on lui offre. Car il veut autre chose!
Il veut la France et devient en 1524 médecin auprès d'Antonio della Rovere, l’évêque d'Agen. Quatre ans plus tard il obtient la nationalité française sous le nom de Jules César de l'Escale de Bordonis et se fait une excellente réputation, mais en lettres, c’est sous le nom de Scaliger qu’on le connait.
On le retrouve en 1530 à l'université de Montpellier où il étudie (encore!) la médecine en compagnie de François Rabelais et Michel de Nostredame. Les 3 compères partagent de nombreuses soirées à refaire le monde.
François voyage en pensées dans des pays où les gens s'appellent Pantagruel et Gargantua. Michel est appelé « le jeune astrologue », parce « qu'il leur signalait et leur expliquait les phénomènes célestes », mystérieux alors pour beaucoup : les étoiles filantes, les météores, les astres, les brouillards, etc... déjà on l'appelle parfois Nostradamus.
Jules-César, moins modeste, visait au renom d'homme universel. Il est vrai qu'il a des connaissances dans tous les domaines, d'ailleurs Michel de Nostredame dit de lui qu'il est « un personnage incomparable, sinon à un Plutarque ». Il écrit sur tout. Impertinent, il s'attaque à tout le monde, s'intéresse à la botanique et fabrique des pommades et des onguents. Mais le jeune « imposteur » inquiète les autorités religieuses par ses idées un peu trop progressistes pour l'époque.
Michel de Nostredame ayant pratiqué comme apothicaire (profession non diplômée), il se fait connaître grâce aux remèdes qu'il met au point, dont les fameuses « boules de senteur ». Mais l'université de Montpellier ne peut accepter ce métier « manuel ». Nostradamus est expulsé en 1531 pour avoir exercé ce métier interdit par les statuts de la faculté de médecine.
Par la suite François Rabelais s'installe comme médecin à Lyon en 1532 et Jules-César, devient consul d'Agen la même année. Vers 1533, Nostradamus le rejoint et pratique la médecine de soins à domicile et poursuit son amitié avec Jules César Scaliger qui deviendra en 1548, le médecin personnel du roi de Navarre.
On le décrira plus tard comme l'un de ces "gladiateurs des lettres" violent, vain et prompt à l'exagération.
Il prend part aux discussions au sujet du cicéronisme, et commence sa carrière d'humaniste par un ouvrage violent contre Erasme en 1531. Il défend la perfection absolue du style de Cicéron et dénonce Erasme comme un simple re-lecteur d'épreuves et un parasite. Erasme reste silencieux.
Scaliger compose en 1540 un ouvrage De causis linguae latinae , dans lequel il analyse le style correct de Cicéron et indique 634 erreurs commises par Lorenzo Valla et ses prédécesseurs. Dans la même lignée, il compte comme le premier auteur d'un traité de poétique systématique.
Scaliger fait également oeuvre de "naturaliste" avant la lettre. Il traduit l'Histoire naturelle d'Aristote en latin, ainsi que les Insomnies d'Hippocrate. Il s'intéresse en particulier à la botanique, et démontre qu'il convient d'abandonner la classification des plantes basées sur leurs propriétés et de l’établir au contraire sur la base de leurs caractéristiques distinctives.
Il meurt à Agen le 21 octobre 1558. Son fils, Joseph Juste Scaliger, deviendra également un humaniste et philologue illustre.